Les entrepreneurs d'une CAE travaillent souvent ensemble : une graphiste réalise la charte d'un consultant, un traducteur intervient sur la mission d'un formateur. Comme toutes les enseignes appartiennent à la même société, il ne s'agit pas d'une vraie vente. La facture interne fait passer le montant de la comptabilité d'une enseigne à celle de l'autre : l'enseigne émettrice enregistre un produit, l'enseigne destinataire une charge, et le résultat de la CAE ne change pas.
Exemple — Ruche.coop Isabelle Leclerc (Leclerc Design) crée le logo et les supports de la nouvelle enseigne Stratégie & Co de Marie Dupont, pour 1 200 € HT. Elle crée une facture interne depuis Leclerc Design vers Stratégie & Co. Marie l'accepte depuis son portail, la CAE vérifie que Stratégie & Co dispose des fonds puis la comptabilise. Les 1 200 € passent en produit chez Leclerc Design et en charge chez Stratégie & Co.
Une facture comptabilisée peut encore être annulée par la CAE : Ruche contre-passe alors l'écriture. Tant qu'elle n'est pas comptabilisée, l'émetteur peut l'annuler sans aucune écriture.
La liste sépare les factures émises et reçues, et se filtre par statut : brouillons, en attente d'acceptation, en attente CAE, comptabilisées, refusées, annulées. La fiche retrace l'historique : qui a accepté, validé, comptabilisé ou refusé, et quand. Dans le compte de résultat de l'enseigne, les échanges internes apparaissent à part (voir Comptabilité de l'enseigne).
L'équipe de la CAE supervise toutes les factures internes depuis sa propre liste, et c'est elle qui valide, comptabilise ou annule.
Dans les Paramètres Ruche, l'administrateur renseigne les comptes utilisés par les factures internes : le compte de charges, le compte de produits, le compte des fonds disponibles de chaque enseigne et le compte de fonds bloqués. Il indique aussi si les factures internes sont comptabilisées. Il peut enfin prélever une contribution sur les factures internes, à un taux par défaut ou propre à chaque enseigne (voir Contribution coopérative).