Les deux programmes offrent la possibilité de gérer des abonnements, cependant, leurs fonctionnements diffèrent entre les deux logiciels.
Chaque logiciel propose un tableau de bord de rapprochement bancaire, mais les approches et les interfaces sont complètement différentes.
Le module de gestion de Lieu est une fonctionnalité exclusive à Dokos et n'est pas présent dans ERPNext.
Dokos ne permet pas la suppression générale de données ni la création d'un mode démo pour des raisons légales. De plus, la suppression de données de facturation ou de comptabilité (factures, paiements, écritures comptables) n'est pas possible dans Dokos en raison de contraintes légales.
Dokos permet d'éditer un bilan adapté au format attendu en France. La configuration du plan comptable permet notamment d'affecter les comptes de tiers à l'actif ou au passif en fonction de leur solde, ce que ne permet pas ERPNext.
Dokos propose la génération de numéros de facture lors de la validation pour assurer des séquences chronologiques continues et sans rupture. De plus, Dokos prend en charge la génération de fichiers de prélèvement SEPA aux formats pain.008.001.02, pain.008.002.02 ou pain.008.003.02, ainsi que l'import de transactions bancaires au format OFX.
Dokos propose des fonctionnalités spécifiques telles que l'amortissement linéaire des actifs selon les règles de calcul françaises, la possibilité de faire des achats auprès de plusieurs sociétés depuis le site e-commerce, et la création de factures d'acompte.
Dokos dispose de ses propres espaces de travail distincts de ceux d'ERPNext.
La traduction française de Dokos est presque toujours complète et à jour. Les API de paiement via Stripe, Braintree et GoCardless ont été réécrites dans Dokos, offrant un flux de paiement en ligne différent de celui d'ERPNext. Cette différence permet notamment de proposer plusieurs modes de paiement lors des paiements via un lien de paiement.
Dokos a grandement simplifié le système de configuration pour la gestion des congés.
Dokos propose des modules de gestion de signature électronique via AdobeSign, ainsi que des intégrations spécifiques avec WooCommerce et Hiboutik.
Dokos propose un outil de planification graphique de quarts ainsi qu'une vue Planning pour tous les documents dotés de dates.